计算机信息系统科学硕士（MS）课程是为那些希望将信息系统的技术能力与管理和组织问题知识相结合的学生而设计的。完成计算机信息系统硕士学位的学生将能够获得以下能力：他们能在计算机应用系统的架构、设计和实现的需求分析和文档方面的高级知识。他们能够精通与数据库系统的设计和实现、数据通信、系统分析和设计相关的软件和计算技能。他们足以识别对企业具有战略价值的当前和新兴信息技术的能力；评估这些技术的价值所在；管理这些技术在企业中的实施。国家安全局和国土安全部指定波士顿大学为国家信息保障教育和研究学术卓越中心。PMI全球项目管理认证中心计算机信息系统科学硕士（IT项目管理）由项目管理学院全球项目管理教育计划认证中心（GAC）认证。计算机信息系统科学硕士由健康信息学和信息管理教育认证委员会（CAHIIM）认证。